Різноманітність структури фенольних сполук настільки значно, що можна не сумніватися в тому, що і функції, виконувані ними в рослинному організмі, також досить різноманітні.
Ясна і значна вже згадувана роль убіхінону в транспорті електронів по дихальної ланцюга мітохондрій. Рухаючись по сходинках цих сходів, атоми водню, електрони поступово, сходинками віддають хімічну енергію, запасені в структурі органічних сполук. Це полегшує її використання для роботи м'язів, для підтримки температури тіла і т. П. Цьому призначенню відповідає і вельми своєрідна, спеціалізована, структура молекули убихинона, що істотно відрізняється від інших фенольних молекул.
А що ж інші феноли? Погляди на їх фізіологічну роль істотно змінювалися з розвитком науки. До середини XIX в. були відомі головним чином дубильні речовини і з приводу їх ролі існувала фактично єдина точка зору: вони розглядалися як інертні й марні тупики обміну речовин рослин, як продукти своєрідного виділення.
Інша точка зору виходила з уявлення про дубильних речовинах як резервному матеріалі, що накопичується в період спокою рослин і витрата влітку, подібно до крохмалю і ліпідам. Як ми побачимо далі, певна частка істини є в кожному з цих уявлень, у всякому разі, стосовно до деяких полімерним фенолу. Так гумінові кислоти грунту, які утворюються при переробці і перетвореннях рослинних меланінів, лигнинов, дубильних речовин, являють собою основу родючості грунту, успішно утилізуються знову рослинами кожну весну і літо.
Але щодо основної маси фенольних сполук рослин перші серйозні наукові уявлення почали формуватися на початку XX ст. Першим, хто став відводити фенолу активну роль в обміні речовин рослин, був видатний російський учений В. І. Палладін. У 1908-1916 рр. він припустив, що феноли грають роль кофакторів в процесі дихання рослин. За його уявленнями, окислені форми фенольних сполук - хінони - приєднують до себе атоми водню на самих кінцевих етапах дихального ланцюга. Палладін назвав хінони дихальними пігментами, а після приєднання водню (коли вони перетворюються на вихідні фенольні сполуки) - дихальними хромогенами, які спеціальними ферментами окислюються за рахунок кисню повітря в хинон форми і знову беруть участь в дихального ланцюга. Таким чином, у цій гіпотезі феноли служили сполучною ланкою між воднем, що піддаються окисленню в мітохондріях органічної речовини, і киснем повітря.
Ця гіпотеза знайшла свій подальший розвиток в працях А. І. Опаріна (1922-1927 рр.), Якому вдалося показати, що система, що складається з фенолу (хлорогенова кислоти) і окисляє його ферменту фенолоксідази, окисляє амінокислоти, поліпептиди і навіть білки.
Надалі вчені приділили велику увагу ферментам, окислюючими фенольні сполуки - поліфенолоксидаза і пероксидазе, їх поширенню в рослинному світі. Було встановлено, що у вищих рослин вони зустрічаються закономірно і відрізняються високою активністю. Узагальнюючи ці дані, Сент-Дьордь в 1937 р розділив вищі рослини на дві великі групи за типом їх дихання: фенолоксідазную і Пероксидазну, припускаючи, що саме ці ферменти в комбінації з фенолами здійснюють у відповідності з теорією Палладіна кінцеві етапи дихання рослин.
Загальне поширення фенолів і відповідних ферментів в рослинному світі служило достатньою підставою для того, щоб подання про участь у нормальному диханні рослин як кінцевих ферментів набуло широкої популярності в 40-50-х роках нашого століття.