Самоочищення грунту - вельми складний процес, який залежить від структури, хімічного складу, фізичних властивостей, бактеріальної флори і фауни грунту.
Вирішальна роль в переробці органічних речовин належить мікробам. Розпад органічних речовин (білка) здійснюється в два етапи - через мінералізацію та нітрифікацію.
Процес мінералізації органічних речовин може проходити в аеробних умовах (при доступі кисню) і в анаеробних умовах (при відсутності або недостатній кількості кисню). При цьому органічні речовини піддаються розпаду внаслідок діяльності ферментів, що виділяються мікробами, грибами, і т. П. В анаеробних умовах процеси гниття і бродіння органічних речовин супроводжуються виділенням смердючих газів (аміаку, сірководню, метану та ін.), Тому грунтову знешкодження покидьків слід здійснювати за допомогою аеробних процесів при доступі кисню. У процесі мінералізації гинуть збудники заразних захворювань, а яйця глистів втрачають життєздатність.
Процес нітрифікації здійснюється аеробними нітріфіцірующімі мікробами. Кінцеві продукти, що утворилися при мінералізації, під впливом цих мікробів переходять у складні хімічні сполуки, необхідні для живлення рослин.
На певному етапі розкладання органічних речовин утворюється особливий продукт - гумус (перегній). Гумус повільно розкладається і віддає рослинам необхідні поживні речовини. Він не видає смороду і не містить мікроорганізмів, крім спороносних.