Одним з найбільш відданих шанувальників Галена був учитель Везалія. Йому і належить памфлет «Спростування наклепів якогось божевільного на анатомію Гіппократа і Галена, складені Якобом Сильвием, королівським тлумачем з медичних питань в Парижі».
Нещодавно радянський історик медицини В. Н. Терновський, багато зробив для популяризації праць Везалія, у своїй книзі про великого анатома привів повний текст памфлету. Цей документ зіграв трагічну роль в житті анатома.
Сильвий обрушив на вченого потоки лайки і погроз. Імені Везалія він майже не згадує, зате щедро називає його божевільним, наклепником, перебіжчиком, стічної ямою ...
Памфлет містить двадцять вісім глав - двадцять вісім спростувань «наклепів» Везалія. Озлобити захисник Галена вимагає покарати свавілля людини, «небезпечного для держави» і церкви. Навряд чи Сильвий не знав, що це звинувачення кидало колишнього його учня в обійми церковного суду.
Сильвий звертається і до імператора:
«Я благаю Мухомор величність, щоб він жорстоко побив і взагалі приборкав це чудовисько невігластва, невдячності, нахабності, згубно зразок нечестя, народжене і виховане в його будинку, як це чудовисько того заслуговує, щоб своїм чумним диханням воно не отруїло решту Європи. Адже деяких галлів, германців і италийцев наклепник вже уразив отруйної піною свого рота ... »
Поява памфлету, більш нагадує донос, відразу визначило, хто друзі, а хто вороги вченого. Друзів виявилося набагато менше Учень Везалія Коломбо перейшов у табір його супротивників. Весь науковий світ розколовся, допомагаючи або перешкоджаючи розвитку нової анатомії, визнаючи або ганьблячи її творця.
А сам творець, не витримавши осуду, глузувань, прокльонів, спалив свої рукописи, замітки, перервав анатомічні дослідження і прийняв пропозицію Карла V зайняти пост його особистого лікаря. Посада при дворі імператора рятувала Везалія від відкритого переслідування церкви.
Рятувати-то рятувала, але в той же час не давала займатися улюбленою наукою. Пішовши з університету, Везалий мало що зробив для подальшого розвитку анатомії. Він випустив друге видання свого «Трактату», вніс до нього цінні доповнення. Лікарі та студенти користувалися ним ще двісті років.
Неспокійна, пов'язана з переїздами життя придворного лікаря обтяжувала Везалія, що вже мав сім'ю. І хоча він проявив себе неабияким, сміливим хірургом, анатом і раніше сумував за університетським аудиторіям.
Коли Карл V зрікся престолу і пішов у монастир, новий правитель задумав змінити столицю. Двір з Брюсселя переїхав до Мадрида, і тут, в католицькій Іспанії, де церковний суд ще зберігав всю повноту влади, Везалий, за його словами, не міг навіть доторкнутися рукою до сухого черепу. Про те, щоб виробляти розтину, не могло бути й мови ...
Про цей період його життя ми знаємо мало. Вчений обмежив листування зі своїми однодумцями, побоюючись стеження церкви, заздрості і недоброзичливості придворних медиків. Кілька разів Везалий звертався з проханням до імператора відпустити його на батьківщину, але фанатичний і злісний Філіп II залишався невблаганним.
Відомо, що вкрай змучений анатом дав обіцянку відправитися в Палестину для поклоніння Гробу Господнього. Цілком імовірно, що, відмолити «гріхи» самозабутньої творчості, Везалий думав повернутися в Італію до колишньої дослідній роботі.
Паломництво він здійснював зовсім не з любові до бога.
По дорозі в Єрусалим Везалий затримався у Венеції. Друзі радісно зустріли вченого, не підозрюючи, що бачать його востаннє. Ніхто точно не знає, що ж відбулося далі. За одними відомостями, на зворотному шляху Везалий захворів. За іншими - потрапив в аварію корабля, висадився на середземноморському острові Занте (Закінте), де і помер у жовтні 1564.
Так трагічно обернувся для цієї великої людини єдиний вчинок у його житті, угодний богу і християнської церкви.