Слово «Природа» Везалий писав з великої літери. Він вважав її створювачкою світу, яка перевершує бога як «творця речей». Пізніше, коли анатома позбавили можливості займатися улюбленою справою, він мріяв про те, що знову зможе «повернутися до вивчення справжньої Біблії людського тіла і людської Природи».
Удар, який Везалий завдав настільки улюбленому церквою Галену, припав і за її власним вченням і авторитету. Адже результати роботи вченого, а головне, методи його дослідження за допомогою досвіду створювали основу для правильного пізнання законів природи не тільки в області анатомії. Цього церква побоювалася найбільше.
Багато вчених середньовіччя намагалися відшукати ту особливу невагому, незнищувану кістка, яка, за твердженням духовенства, була ядром майбутнього воскресіння тіла. Везалий не описує цю кістку у своєму трактаті, бо жодного разу не зустрів її. «Що з цієї кісточки ... - писав він, - знову повинен вирости людина, надаю міркувати богословам, які привласнюють собі вільне міркування і думка про воскресіння, безсмертя душі і долі».
Церква всіляко підтримувала переконання, що у чоловіків одним ребром менше, ніж у жінок, тому що, згідно з Біблією, бог вийняв його у Адама для створення Єви. А безстрашний Везалий, для якого вищим суддею був досвід, каже: «... Думка ... ніби чоловіки на одній стороні позбавлені якогось ребра і жінка в числі ребер перевершує чоловіка на одне, зовсім смішно».
Везалий сміливо сперечався з тими вченими-богословами, які відважно бралися за анатомічні опису, не вдаючись до ножа. Він відстоював істину від їх малограмотних посягань. Вчений дозволяв собі іронію і за адресою самого господа бога - «творця речей». «За його милості, якщо тільки буде існувати віра (зверніть увагу на це єретичне припущення), ми будемо користуватися вічним блаженством, коли не буде необхідності досліджувати місцезнаходження та істота душі шляхом розкриття або за допомогою нашого розуму ...»
У цій вільнодумні фразі добре видно характер сміливого дослідника і істота його роботи, в якій він найбільше довіряв своїм очам і рукам, розуму і знань.
Ці засоби досягнення істини не були в пошані у служителів церкви. Давно вже вони стежили за впертим Везалієм, чекаючи зручного моменту для удару. Його попередник, професор Болонського університету Яків Беренгара, теж отступивший від Галена, спробував вчинити опір матері-церкви. Що з цього вийшло? Його з ганьбою вигнали з університету, з міста. Більше анатомією професор не займався.
Круто склалася доля і паризького анатома Шарля Естьена, прекрасно знав свій предмет. Майже в один час з Везалієм він випустив книгу «Розсічення частин тіла людини». Але Шарль Естьен був протестант. Він сповідував іншу, не католицьку релігію, пануючу в країні. Під цим приводом його запроторили до в'язниці, звідки він вже не вийшов.
Свою велику роботу - трактат «Про будову людського тіла» - Везалий присвятив імператорові Карлу V, а «Витяги» - його синові Філіппу. Це не було просто модою того часу. Вчений прагнув заручитися підтримкою імператорської сім'ї на випадок можливих ускладнень.
Везалий не помилявся, коли писав: «... Моя праця піддасться нападкам з боку тих, хто не брався за анатомію настільки ревно, як це мало місце в італійських школах, і хто тепер уже в похилому віці знемагає від заздрощів до правильних викриттів юнаки: ним стане соромно, що хоча вони і привласнюють собі гучне ім'я в області науки, але до цих пір, разом з іншими шанувальниками Галена, були сліпі і не помічали того, що ми зараз пропонуємо ».
Трактат з анатомії з'явився в 1543 році, і вже через рік Везалий не по своїй волі розлучився з Падуєю. Скінчився найщасливіший період його життя.