Пирогова часто називають реформатором медичної освіти, і в цьому твердженні немає перебільшення. Він дійсно був талановитий, своєрідний і в цій роботі.
«Спостерігати природу не очима і вухами свого вчителя, але своїми власними» - ось заповітний принцип Пирогова-викладача. Його оцінили вже перші студенти, слухачі Дерптського, з насмішкою зустріли молодого російського професора, раз у раз помилялася в німецькій мові.
Він учив їх бути хірургами, вміти правильно орієнтуватися в рані. Студенти Пирогова повинні були вголос називати ті анатомічні шари, які розсікали в процесі операції.
Професор Пирогов вимагав самостійності і заохочував експеримент, вчив сумніватися і перевіряти сумнів досвідом. До речі, за час його перебування в Дерпті в місті не залишилося бродячих кішок і собак, їх привозили з навколишніх місць.
У 1841 році професора Пирогова запросили на роботу в Санкт-Петербург. Йому запропонували кафедру госпітальної хірургії в столичній Медичної академії. Він погодився, але за однієї умови. Яке ж умова ставив викладач, ім'я та праці якого знав у той час весь медичний світ? Створити можливості для занять зі студентами в операційних і біля ліжка хворого. Для цього кожен медичний факультет повинен мати своє спеціальне приміщення, свою клініку.
Таку клініку професор отримав, але цим не обмежився. Два роки пішло у нього на підготовку і проштовхування проекту спеціального анатомічного інституту для експериментальної роботи лікарів і студентів. Заручившись підтримкою відомих медиків, він все-таки домігся свого. Основний аргумент противників Пирогова зводився до того, що за кордоном, мовляв, не практикується робота цілого Анатомічного інституту і заводити свій нам ні до чого.
За п'ять років існування Анатомічного інституту, де директором був Пирогов, студенти та лікарі провели двісті операцій на тваринах, виготовили для занять дві тисячі анатомічних препаратів. Щорічно там здійснювали по дві тисячі розтинів. Такого досвіду дійсно не мали, навчальні заклади інших країн.
Інша справа, що «храмом науки» приміщення інституту не можна було назвати навіть умовно, настільки страхітливий барак не підходив для дослідницької роботи. Але тут його директор нічого не міг змінити.
«Моє щире бажання, щоб мої учні ставилися до мене з критикою» - так починається підпис на портреті, подарованому Пироговим Дерптський студентам. І це не просто красива фраза. В історії медицини, мабуть, не було іншої людини, яка б з такою безстрашністю говорив і писав про власні помилки, омани, повчальних для інших, особливо для початківців медиків.
Пройшов перший рік самостійної роботи Пирогов ?, після якого він випустив звіт «Аннали хірургічного відділення клініки імператорського Дерптського». У самій появі цього твору не було нічого незвичайного. Дивним була його мета - навчити інших не тому, як потрібно поступати, а тому, як чинити не потрібно. Пирогов розбирає історії хвороб, де він поставив неправильний діагноз, хід операцій, які слід було б провести по-іншому. Він говорить про причини своїх помилок: в одному випадку самовпевненість, в іншому - поспішність.
Якось під час перебування Пирогова в берлінській клініці Руста він виявився свідком такого випадку. Сам Руст вже не оперував. Він брав у помічники Диффенбаха і доручав операційну частину йому. Але одного разу Руст вирішив було взятися за ніж. На столі виявився пацієнт з великою защемленої грижею.
- Я вам покажу, - сказав він стояв віддалік слухачам, - як старий Руст оперує. - З цими словами він сміливо махнув по грижового мішка.
Наслідки, згадує Пирогов, були жахливі. Хворого забрали, і про цей випадок, за звичаєм, більше ні слуху ні духу. Ні в медичній літературі, ні в лекторської діяльності того часу не розбирається подібні події.
Пирогов сміливо руйнує ці традиції і вводить свої, які Іван Петрович Павлов назвав його першим професорським подвигом.
Цю незвичайну сповідь, звичайно, помітили. Учні професора стали вірити йому подвійно, більшість же дивувалися. У німецьких журналах того часу з'явилася критика, яка, за словами самого Пирогова, «почала його валяти», що було справою нескладною. Адже сам себе він «валяв без милосердя».
«Не можна не замислитися над цим могутнім явищем щасливого поєднання розуму, таланту, знання, пристрасної і стрімкої любові до істини і бездоганною чесності», - писав про Пирогові його послідовник і знаменитий терапевт С. П. Боткін.