Можливі різні класифікації залежно від наукового підходу, від хімічних, біохімічних та інших даних. Тут ми не будемо заглиблюватися в розгляд цього питання. Деякі давно відомі ферменти носять традиційні назви (наприклад, трипсин, пепсин). Інші були названі по їх джерелу (панкреатин, папаїн). Для найменувань більшості ферментів характерно закінчення «аза», тоді як основа вказує на субстрат: протеази розщеплюють білки (протеїни), нуклеази - нуклеїнові кислоти. Точні назви деяких ферментів відображають також і характер їх дії (наприклад, лактатдегідрогеназа, цитохромоксидаза).
Ферменти зазвичай називають, виходячи з реакції, які вони каталізують. До назви субстрату додається закінчення «аза». Ферменти можна також розділяти на групи чи класи - наприклад, протеїнази, ліпази, оксидази і т. П. Відповідно до Рекомендацій Комісії з ферментам Міжнародного біохімічного союзу »їх прийнято поділяти на 6 основних класів:
1. Оксидоредуктази
2. Трансферази
3. Гідролази
4. Ліази
5. Ізомерази
6. Лігази (або синтетази)
Оксидоредуктази, каталізують окисно-відновні процеси, відіграють важливу роль в обміні речовин.
Трансферази каталізують перенос груп з одного субстрату на інший. Найбільш відомі трансамінази, які мають істотне значення для медичної діагностики.
Гідролітичні ферменти (гідролази) вводять в субстрат молекулу води в місці певному зв'язку. Відомі різні групи гідролаз: естерази, фосфатази, нуклеази та ін.
Ліази - це ферменти, які отщепляют групи від субстратів (але не шляхом гідролізу) або ж, навпаки, приєднують групи до подвійних зв'язків.
Ізомерази каталізують перетворення альдоз в кетози і зворотну реакцію.
Лігази здійснюють з'єднання двох молекул, поєднане з розщепленням зв'язку пірофосфата або іншого схожого трифосфата.