Bockus (1964) вважає, що в тих випадках, коли хвороба Крона має ті чи інші клінічні прояви, діагноз встановлюється без особливих труднощів, якщо лікар обізнаний про існування цього захворювання. Обгрунтована підозра повинно виникати при поєднанні стійких проносів з болями в животі, підвищенням температури, періанальної, периректальні і зовнішніми норицями. У ряді випадків при пальпації живота визначається пухлина, частіше в правої клубової ямці. Однак в діагностичному відношенні найбільш достовірними слід вважати рентгенівські дані, які мають вирішальне значення. Ректороманоскопія дозволяє виявити приховані периректальні ускладнення і уточнити природу виразок в прямої і сигмовидної кишці.
Лабораторні та біохімічні методи поки не надають реальної допомоги в розпізнаванні хвороби Крона. У багатьох хворих спостерігається недокрів'я в поєднанні з схудненням.
Нерідко хвороба протікає безсимптомно і є випадковою знахідкою при оперативних втручаннях або на секційному столі.
Хвороба Крона з ураженням товстої кишки найчастіше доводиться диференціювати з неспецифічним виразковим колітом. Докладні відомості про диференційно-діагностичні критерії цих двох захворювань представлені в табл. 5.
З метою диференціальної діагностики слід користуватися всіма доступними методами дослідження. В одних випадках вирішальну роль відіграють клініко-рентгенологічні дані, в інших - зміни при ректороманоскопії в поєднанні з результатами патогістологічного вивчення біопсійного матеріалу (Lennard-Jones та ін., 1968). У випадках, підозрілих на кишковий лімфогранулематоз або саркоїдоз Бека, стає абсолютно необхідним прижиттєве гістологічне дослідження ділянки кишки або лімфовузла, бо клінічна картина не завжди дає можливість поставити правильний діагноз. У окремих хворих вдаються до діагностичної лапаротомії.
Іноді необхідно проводити диференційний діагноз з групою великих колагенозів (частіше зі склеродермією). При відносній спільності клінічних проявів остаточний діагноз хвороби Крона може бути встановлений тільки після рентгенівського дослідження.