Етіологія хвороби Крона до теперішнього часу не відома. Виявлення під мікроскопом серед клітин елементів гранульоми при хворобі Крона гігантських клітин давало підставу до обговорення туберкульозної етіології захворювання. Однак нікому з дослідників не вдалося виділити туберкульозну паличку з калу подібних хворих, а також з кишкової стінки уражених ділянок. При введенні кишкових екстрактів морським свинкам були отримані негативні результати. Антибактеріальна протитуберкульозна терапія виявилася абсолютно неефективною при хворобі Крона. При мікроскопічному дослідженні гранульоми відсутній казеозний некроз, такий характерний для туберкульозу.
В даний час не слід ставити знака рівності між хворобою Крона та саркоїдоз Бека, хоча мікроскопічна картина гранульоми при цих захворюваннях виявляється однотипної.
Crohn і Garnis (1958) припускали вірусне походження хвороби Крона. Нещодавно McGill (1968) опублікував повідомлення, в якому знову обговорюється інфекційна природа справжнього захворювання і в якості можливого збудника розглядаються мікобактерії. Останні не вдається виділити ні в культурах, ні на спеціальних середовищах. На думку автора, пошкоджена тканина кишки викликає появу аутоімунних реакцій, а потім приєднується вторинна інфекція. Однак Wright і Truelove (1965), Harrison (1965) не спостерігали при хворобі Крона патологічних аутоантитіл, що ставить під сумнів значення аутоімунних порушень у подібних хворих.
Поки відсутні прямі докази алергічної природи захворювання.
Soltoft (1969) за допомогою імунофлюоресценції встановив нормальне співвідношення іммуноглобулінсодержащіх клітин з переважанням IgA в слизовій оболонці тонкої кишки. Тільки загальна кількість флюоресцирующих клітин виявилося збільшеним, що вказувало на значну поширеність патологічного процесу.
Мабуть, в походженні хвороби Крона певне значення мають генетичні чинники. Це доводиться існуванням сімейних форм хвороби Крона (Sherlock та ін., 1963- Almy і Sherlock, 1966), а також однотипним ураженням кишечника у однояйцевих близнюків. На думку Hislop і Grant (1969), хвороба успадковується за допомогою домінантного гена, при цьому можливе генетична схильність, яке може проявитися тільки під впливом якихось факторів зовнішнього середовища.
При хворобі Крона характерною гістологічної знахідкою є лімфатичний набряк в підслизовому шарі кишки, який може бути викликаний порушенням відтоку лімфи.
Ammann (1959-1964) на підставі власних експериментальних робіт сформулював «лімфатичну» теорію походження хвороби Крона, згідно з якою патологічний агент неясною природи впливає на лімфатичні мезентеріальні вузли, вони гіперплазіруются, порушується відтік лімфи з появою набряку в підслизовому шарі, а потім виникають деструктивні зміни в слизовій оболонці з утворенням вогнищ некрозу і виразок. На тлі набряку швидко розвиваються клітинна інфільтрація і гранульоми. Ця теорія не отримала широкої підтримки, оскільки в багатьох випадках відсутні ознаки збільшення мезентеріальних лімфатичних вузлів.
Crohn (1967) розглядає різні форми хвороби Крона як результат впливу вірусу або іншого невідомого етіологічного фактора. При цьому відповідна реакція кишкової стінки може бути різною в різних сегментах шлунково-кишкового тракту. Найбільш часто уражається кінцевий відділ клубової кишки, тому що проникність кишкового епітелію в цій ділянці виявляється наібольшей- поряд з цим химус у баугиниевой заслінки, природно, затримується.
На думку Crohn, реакція кишечника на «вірус» проявляється масивною проліферацією грануляційної тканини з метою обмежити поширення агента вглиб. Таке «відмежування» зазвичай є недостатньо ефективним, і запальні зміни охоплюють кишкову стінку in toto, з'являються внутрішні і зовнішні свищі. Механізм розвитку патологічних змін в інших відділах травної системи виявляється подібним, але їх глибина і поширеність можуть бути різними.
Bockus (1964) вважає, що багато етіологічні фактори викликають однотипні морфологічні зміни кишечника в осіб з певним нахилом до хвороби Крона. Ці агенти сприяють виникненню в окремих ділянках кишечника підвищеної тканинної чутливості з високою реактивністю. Тканинна відповідна реакція, очевидно, включає ураження лімфатичної системи кишечника і брижі в цілому.
Таким чином, поки не існує єдиного загальновизнаного погляду на походження хвороби Крона. Багато дослідників вважають, що центральною ланкою патогенезу останньої залишається ураження лімфатичної системи з вторинним залученням в патологічний процес кишкової стінки та розвитком гранулематозного запалення інших тканинних змін. Для з'ясування причин виникнення зазначених порушень необхідні подальші дослідження.