З біохімічної точки зору кожен гострий або хронічний запальний процес можна поділити на три фази, частково перекриваються і з дуже поступовими переходами, що зазвичай не дозволяє чітко розмежувати їх. Запалення - процес динамічний. Дані сучасної патології, що вказують на найважливішу роль порушення гомеостазу в ураженій ділянці, багато в чому сприяли більш ясного розуміння патогенезу запальних реакцій. Враховуючи концепції різних «шкіл», хід запалення можна уявити собі таким чином.
На ранній стадії, через кілька хвилин після подразнення, відбувається зміна проникності дрібних судин. Утворюється серозний або фібринозний ексудат, який створює тиск і змінює таким чином стан місцевого кровообігу. В результаті уповільнення струму крові порушується гомеостаз. У судинах виникають перші мережі з фібрину: починається ізоляція ураженої ділянки. Завдяки хемотаксису, що викликається продуктами руйнування клітин, лейкоцити і макрофаги мігрують з судин у вогнище, де відразу ж починається фагоцитоз. В цей же час звільняються біогенні аміни, що веде до подальшого погіршення кровообігу. На периферії запального вогнища відкладення фібрину утворюють в судинах мікротромби, перешкоджають відтоку і припливу крові. Цей ізолюючий бар'єр називають «запальним бар'єром». У біологічному сенсі процес запалення досягає своєї кульмінаційної точки.
Тепер починається друга фаза, під час якої організм намагається усунути патологічні явища і відновити нормальний стан. Перша умова, необхідне для досягнення цієї мети, полягає в поновленні належної мікроциркуляції, яка дозволила б якнайшвидше видалити продукти розпаду високомолекулярних речовин, оскільки деякі з них досить токсичні.
Разом з тим поліпшення кровообігу забезпечує краще постачання запального ділянки поживними речовинами і протизапальними ферментами, такими, як плазмін, а також вводяться лікарськими препаратами. У цій другій фазі лейкоцитоз підтримується на найвищому рівні-число лейкоцитів залишається підвищеним ще протягом декількох днів після того, як запалення припиняється. Це можна розглядати як запобіжний засіб: система імунологічного захисту залишається мобілізованою і після припинення активної реакції, а потім, нарешті, повертається до свого нормального стану.
У третій фазі, званої також регенеративної фазою, організм прагне відновити пошкоджені тканини. Будь-яке запалення залишає після себе дефект (часто видимий лише при мікроскопічному дослідженні), який має бути усунений шляхом заповнення сполучною тканиною і новими капілярами. Проліферації нових клітин сприяють ранові гормони.
Іншу схему послідовних реакцій при запальному процесі запропонував Мартін [9], який в ще більшій мірі висуває на перший план активність ферментів. У його схемі перша, дуже короткочасна, фаза характеризується підвищеною проникністю капілярів. У субфази А, триваючої всього лише близько 2 хв, відбувається звільнення гістаміну (початкова фаза підвищеної проникності). Наступна субфази, В, триває кілька годин. Проникність тепер зменшується під дією інгібуючих амінів, які викликають ущільнення стінки судин. Набряк призводить до полімеризації фібрину. У наступній більш тривалої субфази С починається посилене утворення гістаміну, регульоване ферментами, зокрема гістідіндекарбоксілазамі. Одночасно відбувається звільнення брадикинина при активації калікреїну, а моноаміноксидази руйнують біогенні аміни, що утворилися в субфази В.
У другій фазі проникність судин ще більше знижується в результаті зменшення кількості фібрину, і в тканинах накопичується рідина-тим часом відбувається руйнування гістаміну (під дією діаміноксидазу) і кінінів (під дією кінінази).
В період накопичення рідини фібрин деполімеризується плазміном, білки розщеплюються до пептонів і далі до амінокислот.
Відновлення кровообігу, згідно Мартіну, відбувається в четвертій фазе- п'ята фаза - це фаза регенерації.