При хронічному панкреатиті виявляються дифузні або, набагато частіше, обмежені областю головки, тіла або хвоста залози запально-дегенеративні, некротичні і атрофічні зміни залозистої тканини і розростання сполучної тканини органу. Поряд з цим мають місце ознаки регенерації органу у вигляді ділянок гіперплазії з утворенням аденом. Можуть дивуватися як ацинозні клітини, так і тканина острівців. Залежно від характеру та тривалості патологічного процесу в підшлунковій залозі переважають атрофічні і гіпертрофічні явища або відбувається розвиток фіброзу.
У початкових фазах хвороби спостерігаються невелике збільшення і ущільнення органу, крововиливи і явища набряку. Надалі виникають рубцеві зміни, звапніння, порушення прохідності протоков- заліза може мати хрящову консистенцію, розміри її зменшуються. При гістологічному дослідженні зустрічаються вогнища гострого запалення і геморагічного некрозу, переважно внутрідолькових розростання сполучної тканини, вогнища регенерації, розвиток мелкокістозних порожнин внаслідок здавлення протоків. Острівці Лангерганса довго залишаються незміненими, але надалі атрофуються і піддаються склерозированию. Поряд з цим іноді виявляється їх гіпертрофія.