Прогноз гострого панкреатиту завжди є серйозним. При важкій формі хвороби смертельний результат може наступити в перші дні захворювання, в період розвитку шоку або колапсу, а в подальшому перебігу хвороби можливі окремі серйозні ускладнення: розвиток абсцесів, помилкових кіст, свищів, пілефлебіта, механічної непрохідності кишечника, закупорки загальної жовчної протоки, сепсису , кахексії та ін. Нерідко бувають рецидиви захворювання, які можуть протікати більш важко, ніж перший напад захворювання. У запальний процес часто залучаються сусідні органи: шлунок, дванадцятипала кишка, судини системи ворітної вени. Всмоктування токсичних продуктів з некротизованих і запалених тканин, а також порушення травного процесу можуть зумовити важку клінічну картину подальшого перебігу хвороби. Остання характеризується лихоманкою, виснаженням, наростанням анемії, прискореної РОЕ, гіпопротеїнемією, порушеним співвідношенням білкових фракцій, важким порушенням електролітного балансу. Навіть при відносно сприятливому перебігу важких форм гострого панкреатиту процес реконвалесценції триває багато місяців з картиною гіпофункції підшлункової залози, з розвитком синдрому постнекротіческіх панкреатопатія, що виявляється диспептичними симптомами. Нерідко розвиваються хронічний рецидивуючий панкреатит та цукровий діабет. Серед осіб, які перенесли гострий панкреатит десятирічної давності, Grott (1969) відзначав цукровий діабет в 35% випадків.
Причиною смерті при гострому панкреатиті є, крім шоку (в початковому періоді захворювання), також різні ускладнення: уремія, шлунково-кишкові кровотечі, діабетична кома, емболія легеневої артерії, септичні ускладнення, розрив постнекротіческіх кіст, кахексія. При більш легких формах гострого панкреатиту можливо повне одужання.
Особливо важко визначити прогноз в гострому періоді хвороби. Він більш сприятливий в осіб молодого віку при відсутності шоку і більш серйозний у хворих похилого віку при бурхливому початку захворювання з картиною шоку, розвитком ниркової недостатності, шлунково-кишковими кровотечами, тахікардією, високим лейкоцитозом, тромбозами периферичних і абдомінальних вен, а також з різким порушенням вуглеводного обміну. Алкоголізм обтяжує результат захворювання. Важко протікають післяопераційні панкреатити.