Медикаментозне лікування в санаторії не є основним і повинно проводитися тільки за наявності чітких показань, так як більшість дітей з хронічними захворюваннями до надходження в санаторій тривало лікувалися в стаціонарі або поліклініці. При цьому необхідно враховувати раніше проведену терапію. Медикаментозне лікування в санаторії показано надійшли сюди хворим, у яких не закінчився курс лікування або воно проводилося недостатньо, а також при загостренні хвороби, при виникненні інтеркурентних захворювання.
У санаторіях для хворих на ревматизм, у відділенні для активної фази хвороби продовжують противоревматической і кардиальную терапію, на тлі якої поступово підключають ЛФК, бальнеофізіотерапії, проводять біцілліномедікаментозную профілактику. Ін'єкційний шлях введення ліків слід по можливості обмежити, щоб загальна психоемоційна налаштованість дитини в санаторії відрізнялася від лікарняному. Дітям з вродженими вадами серця і явищами недостатності кровообігу продовжують кардиотропного, метаболічну терапію, антибактеріальну (при підготовці до хірургічного лікування, подозреваніі на ендокардит). Дітям шкільного віку з підвищеним нервово-судинної збудливістю іноді доводиться призначати заспокійливу, седативну терапію протягом 7-10 днів, якщо обмежені можливості застосування бальнеологічних процедур.
У санаторіях пульмонологічного профілю хворим, які мають вади розвитку, гнійний ендобронхіт, затяжну сегментарну пневмонію, необхідно продовжувати антибактеріальну терапію з урахуванням мікрофлори та її чутливості, а також призначати препарати, що сприяють поліпшенню дренажної функції бронхів (еуфілін, ефедрин), антигістамінними препаратами, якщо є ознаки бронхоспазма і алергії. Їх можна застосовувати у вигляді аерозолів, поетапно змінюючи складу лікарських сумішей у міру поліпшення стану слизової оболонки бронхів (припинення кашлю, хрипів, нормалізація пікової швидкості вдиху і видиху, інших показників ФЗД, зменшення активності запалення). При атопічний формі бронхіальної астми, частих нападах в періоді адаптації до умов санаторію виправдане застосування кромоліну-натрію (інтал). Хворим в періоді стійкої ремісії при полівалентної алергії показана неспецифічна гипосенсибилизация гистаглобулина, а при наявності алергологічного кабінету і встановленому алергену - специфічна гипосенсибилизация.
У санаторіях гастроентерологічного профілю хворим на виразкову хворобу на початку курсу лікування іноді доводиться продовжувати терапію в'яжучими засобами (Алмагель, вікалін, Ротер), а через 7-10 днів починають бальнеотерапію (залежно від вираженості секреторних порушень). При ангіохолецістіте з больовими явищами показані антиспастические препарати (но-шпа, папаверин, платифілін), жовчогінні засоби, препарати фолієвої кислоти (протягом 7-12 днів в період підготовки до бальнеологічному лікуванню).
При хронічних нефроурологіческіх захворюваннях в місцевих санаторіях хворим слід продовжувати підтримуючі дози преднізолону (при гломерулонефриті), нітрофуранових препаратів (при пієлонефриті) і проводити фітотерапію як самостійне лікування при раніше проведеному 3-б-місячному курсі безперервного лікування хіміопрепаратами або в поєднанні з ними (при I -II ступеня активності процесу), що покращує функцію нирок [Коровіна Н. А., 1983].
У психоневрологічних санаторіях застосовують загальнозміцнюючі, тонізуючі, седативні препарати, церебролізин, дибазол, прозерин, глутамінової кислоти, глюконат, гліцерофосфат кальцію, вітаміни В1 В6, В12, еленіум, при показаннях нейролептичні засоби, транквілізатори та ін.
При санаторному лікуванні хворих на ревматоїдний артрит з ознаками мінімальної активності процесу рекомендуються нестероїдні протиревматичні препарати (саліцилати, піразолонових, індоловой кошти, ібупрофен, диклофенак-натрій), хінолінові похідні, іноді внутрісуглобні ін'єкції гідрокортизону.
У санаторіях для лікування сколіозу, остеохондропатій, остеомієліту велике значення мають ортопедичні методи з використанням укладок, гіпсових ліжечок, витягнення, ортопедичного взуття, корсетів та ін.
У дерматологічних санаторіях нерідко доводиться застосовувати мазеві лікування, седативні і антигістамінні препарати при сверблячих дерматозах і порушенні сну.
У більшості дитячих санаторіїв функціонує стоматологічний кабінет. Своєчасне виявлення і лікування початкових форм карієсу зубів має істотне лікувально-профілактичне значення, особливо при таких захворюваннях, як ревматизм ревматоїдний артрит, бронхолегочная патологія, а також при інших хронічних та алергічних захворюваннях.