Порядок призначення експертизи передбачений чинним КПК. Слідчий, визнавши необхідним виробництво експертизи, складає про це постанову. У ньому зазначаються підстави для призначення експертизи, прізвище експерта або найменування установи, в якій буде проведена експертиза, питання, поставлені для вирішення, матеріали, що надаються в розпорядження експерта (ст. 184 КПК). При призначенні для проведення експертизи кількох експертів вони, перш ніж скласти висновок, радяться між собою. При одностайних висновках експертів вони складають і підписують спільний висновок, при розбіжностях кожен експерт дає свій висновок (ст. 80 КПК).
Прагнення до підвищення доказового значення експертних висновків призвело до існування кількох передбачених КПК організаційних форм експертиз. Крім первинних експертиз, за пропозицією слідчих органів можуть проводитися додаткові експертизи. Необхідність у додатковому укладанні найчастіше виникає у зв'язку з недостатньою ясністю або повнотою первинного ув'язнення або у зв'язку з новими слідчими даними. Проведення такої експертизи доручають раніше або іншому експерту, який уточнює або розширює раніше зроблені висновки (ст. 81 КПК). Повторну експертизу проводять при необгрунтованості висновку експерта або сумніві у його правильності (ст. 81 КПК). Для проведення повторної експертизи запрошують іншого експерта або декілька інших експертів.
Деякі види судово-медичної експертизи мають здійснюватися обов'язково з участю відповідних фахівців. До таких експертизам відносять: 1) визначення ступеня втрати працездатності- 2) експертизи у справах про притягнення до кримінальної відповідальності медичних працівників за професійні правонарушенія- 3) особливо складні експертизи за матеріалами слідчих і судових справ.