Санітарна охорона водойм - комплекс законодавчих, організаційних та санітарно-технічних заходів, спрямованих на охорону відкритих водойм від забруднення.
Найбільш значними джерелами забруднення водойм є побутові стічні води каналізованних населених місць і стічні води промислових підприємств. Забруднення води відкритих водойм створює загрозу здоров'ю і справляє негативний вплив на умови життя населення, завдає великої шкоди рибному господарству і ускладнює використання водойм для промислових та інших народногосподарських цілей.
Гігієнічні вимоги до санітарної охорони водойм спрямовані на створення умов, за яких спуск стічних вод не порушував би інтереси нормального водокористування. Вимоги до складу і властивостей води в пунктах питного і культурно-побутового водокористування наведено в «Правилах охорони поверхневих вод від забруднення стічними водами», виданих в 1961 р Санітарні нормативи належать не до складу стічних вод, як колись, а до якості води водойм і вмісту в ній шкідливих речовин. В даний час розроблені і затверджені гранично допустимі концентрації для більш ніж 100 шкідливих речовин, що надходять у водойми у складі промислових стічних вод. Скидання у водойми радіоактивних речовин регламентується «Санітарними правилами роботи з радіоактивними речовинами та джерелами іонізуючих випромінювань» № 333-60.
Найбільш ефективними заходами щодо санітарної охорони водойм є: зміни технологічних процесів, спрямовані на зменшення скиду стічних вод, заміна токсичних продуктів нешкідливими або менш токсичними, вилучення та утилізація цінних речовин зі стічних вод, організація оборотного водопостачання, при якому стічні води після відповідної обробки знову використовуються в технологічному процесі. У разі недостатності етіхмер виникає необхідність обладнання спеціальних споруд для очищення і знешкодження стічних вод (див.). Навколо джерел, використовуваних для централізованого водопостачання, встановлюються зони санітарної охорони (див.). Вирішення питань санітарної охорони водойм регламентовано «Основами законодавства СРСР і союзних республік про охорону здоров'я» (ст. 21, 25 та ін.).
У попереджувальному санітарному нагляді в області санітарної охорони водойм необхідно керуватися «Інструкцією з проектування зовнішньої каналізації промислових підприємств» (СН 173 - 61) і СН і ПШГ -6 -62 («Каналізація. Норми проектування»). При поточному санітарному нагляді (Див.) Контролюються ефективність очисних споруд і правильність їх експлуатації, проводиться санітарно-топографічне обстеження ділянок, на яких знаходяться очисні споруди, встановлюються пункти забруднення, кількість стоків, режим скидання, основні речовини, що забруднюють водойми, проводиться опитування мешканців та відбираються проби води для хімічного, радіологічного, бактеріологічного і біологічного досліджень (див. Санітарні проби). На незабруднених ділянках разові проби відбирають в найбільш теплий місяць року і в останній місяць зими. Проби води відбирають систематично, в постійних пунктах спостереження: вище і нижче випуску стоків.