Особливості санітарно-гігієнічного та протиепідемічного забезпечення в ГО в умовах застосування противником зброї масового ураження зумовлюються зараженням території РВ і ОВ на великих площах, масовістю руйнування житлових та промислових будівель, водопроводу, каналізації та інших комунальних та інженерних споруд, а також необхідністю розосередження і евакуації населення. Санітарно-гігієнічні та протиепідемічні заходи в ГО проводяться при загрозі застосування зброї масового ураження і після його застосування.
При загрозі застосування проводиться санітарно-епідеміологічний нагляд та лабораторний контроль за зараженностью об'єктів зовнішнього середовища, продуктів харчування, води і фуражу, визначається санітарно-гігієнічний стан території, джерел водопостачання та пунктів харчування-виявляються інфекційні захворювання серед населення-проводиться контроль за санітарним станом пунктів посадки і вивантаження евакуйованого населення-пунктів харчування, районів тимчасового перебування та постійного розміщення евакуйованого населення, а також місць відпочинку і роботи робітників і службовців- проводяться профілактичні щеплення населенію- формування ГО і населення забезпечуються препаратами профілактики і лікування радіаційних, хімічних уражень та інфекційних захворювань, а також засобами дезінфекції та дегазації.
Після застосування противником зброї масового ураження проводиться розвідка (див. Медична розвідка), Санітарно-епідеміологічний нагляд та лабораторний контроль-контроль (спільно з командирами формувань, частин і підрозділів) за своєчасним використанням індивідуальних засобів захисту (протихімічних пакетів, антидотів, засобів екстреної профілактики і протирадіаційних препаратів), за дотриманням особовим складом формувань і населенням санітарно гігієнічних вимог, за проведенням заходів по знезараженню (див. дегазацію, дезактивацію, дезінсекції Дезінфекція, Дератизація) і санітарній обробці, а також за розміщенням, харчуванням та водопостачанням. Санітарно-гігієнічні та протиепідемічні заходи організовуються усіма штабами ГО на основі завчасно розроблених планів. Обсяг, порядок і терміни проведення цих заходів визначаються розпорядженням начальників медичної служби ЦО і здійснюються силами і засобами медичної служби ЦО міста, міського району та об'єкта народного господарства. До проведення санітарно-гігієнічних та протиепідемічних заходів залучаються сан. дружини, загони першої медичної допомоги, рухливі протиепідемічні отряди- спеціалізовані протиепідемічні бригади, установи ветеринарної служби, а також сили і засоби комунально-технічної служби, служби протирадіаційного і протихімічного захисту, інженерної та ін.
У проведенні всіх заходів санітарно-гігієнічного та протиепідемічного забезпечення в ГО велику участь бере середній медперсонал лікарських дільниць та фельдшерських здоровпунктів. Див. Також Захист від зброї масового ураження, Медична служба цивільної оборони, Загін першої медичної допомоги.