Тривале вживання мінеральних вод, викликаючи підвищений діурез, призводить до вимивання солей з організму, причому одночасно відбувається «трансмінералізація» тканин, коли солі мінеральної води замінюють солі організму. Одночасно можуть наступити зрушення в кислотно-лужній рівновазі як у бік ацидозу, так і в бік алкалозу тканин. У зв'язку з цим при тривалому застосуванні гідрокарбонатних вод рекомендується стежити за змінами реакції сечі-при зсуві її в лужну сторону питне лікування відміняють через можливу при цьому фосфатурії.
Протипоказанням до питного лікування служать органічні деформації шлунка у вигляді стенозу воротаря, що утрудняють просування мінеральної води і її всмоктування, значна ектазія шлунка, грубі порушення евакуаторної-моторної функції, викликані іншими причинами, - пілороспазмом, деформацією дванадцятипалої кишки і т. Д. Вимагають обережності в питному лікуванні кровоточать виразки шлунка та дванадцятипалої кишки. Не слід призначати пиття мінеральних вод при гострих і загострення захворюваннях шлунка, кишечника і печінки, що проявляються блювотою, проносом, спастически больовим синдромом, жовтяницею і т. Д.
Усе ще недостатньо з'ясована роль питного лікування при нефриті та інших захворюваннях нирок.
У деяких сумнівних випадках питне лікування слід замінити іншими методами внутрішнього застосування мінеральних вод - промиванням шлунка або ректальними процедурами. У ряді випадків слід взагалі відмовитися від застосування мінеральної води.