Основним виробничим приміщенням аптеки є асистентська. Тут на спеціальних асистентських столах проводиться виготовлення ліків за рецептами лікарів. Асистент готує різні лікарські форми відповідно до чинної Державної фармакопеї. З цією метою він виконує цілий ряд складних фармацевтичних операцій залежно від того, яку лікарську форму він готує (відмірювання з бюреток, відважування, фільтрація, розтирання, подрібнення, перемішування, дозування, розплавлення основ для мазей та ін.), Перевірку точності ваг і важків, якість збірки бюреточної системи, чистоту і якість посуду, роботу апаратів і т. д.
В обов'язки асистента входить приготування стерильних і асептичних лікарських форм (розчинів для ін'єкцій, очних крапель, очних мазей та ін.). Цю роботу він виконує в асептичних умовах в окремій кімнаті - асептичної (в аптеках I і II категорії), або в боксі (ізольованою скляними перегородками частини асистентської), або, нарешті, в настільному боксі, представляє собою стіл з розташованим на ній скляним футляром, мають з лицьового боку розсувну або опускається дверцята. Як окрема кімната, так і бокс обов'язково повинні мати шлюз (передбоксник). При виготовленні стерильних ліків асистент, крім звичайних фармацевтичних операцій, виробляє стерилізацію ліків в спеціальній апаратурі, розміщеної в стерилізаційної (автоклави, сушильні шафи).
Одне з робочих місць за асистентський столом займає контролер, в обов'язки якого входить розподіл надійшли рецептів між асистентами і систематичне спостереження за виготовленням ліків. Він здійснює також контроль якості ліків шляхом опитування асистентів, органолептичними, фізичними і хімічними способами. Органолептичний контроль полягає у перевірці кольору ліків, їх прозорості, запаху, смаку, однорідності змішування та ін. Фізичний контроль виконується шляхом вибіркового зважування як ліки в цілому, так і окремих його доз. Нарешті, хімічний контроль полягає у перевірці ліків хімічним аналізом. Підготовлене і перевірене ліки контролер передає для остаточної закладення та оформлення підсобним працівникам, також працюючим за асистентський столом. Крім того, контролер сам виробляє відважування отруйних засобів (список А) і спостерігає за якістю дистильованої води і умовами зберігання медикаментів в асистентської.
У рецептурному відділенні та відділенні ручної продажу аптечних товарів працюють рецептара-контролер і ручніст. Рецептара-контролер, отримавши від відвідувача рецепт, перевіряє його зміст, звертаючи особливу увагу на дозування і правильність прописи, після чого встановлює вартість ліків (таксування), виписує замовнику квитанцію і, отримавши касовий чек, вручає її відвідувачеві. Отримані рецепти він передає контролеру в асистентську. При відпустці виготовлених ліків рецептара ще раз переглядає рецепт і встановлює його відповідність виду та форми відпускається ліки. Робота ручніста полягає у відпустці відвідувачам готових лікарських препаратів та інших предметів аптечного асортименту.
В аптеках проводиться також хімічний і фізико-хімічний контроль якості виготовлених ліків. Цю роботу виконує аналітик, робочий стіл якого розташований в асистентської (за винятком аптек I і II категорії, які повинні мати окремий аналітичний кабінет). В обов'язки аналітика входить якісний і кількісний аналіз знаходяться в бюретками на асистентському столі концентрованих розчинів ліків, дистильованої води і лікарських напівфабрикатів. Всю цю роботу аналітик виконує за допомогою всіляких хімічних операцій, пов'язаних з відліком поділів на бюретками і піпетках, зважуванням на аналітичних вагах, розрізненням колірних відтінків при колориметрії та ін. Поряд з цим він зобов'язаний стежити за отриманням дистильованої води, її зберіганням і постачанням нею асистентських столів, а також за дотриманням правил зберігання медикаментів.
Усі які у аптеку медикаменти та медичні вироби приймає дефектара - особа, яка курує запасами аптечних товарів і забезпечує поповнення аптеки всім необхідним для виготовлення ліків і ручний продажу. Для зберігання запасів призначені матеріальні кімнати і підвали. У матеріальній кімнаті в шафах зберігаються всі надходження аптечних товарів, які можна тримати при нормальних температурах і вологості повітря-в підвалі зберігаються товари, для збереження яких потрібна низька температура. Деякі лікарські засоби зберігаються в холодильнику. Робота дефектара полягає у відпустці медикаментів та інших товарів із запасів в асистентську та до відділення ручної продажу, складанні заявок і замовлень, а також виконанні замовлень лікувально-профілактичних установ, прикріплених до даної аптеці. Він розповідає також виготовленням концентрованих розчинів ліків, що надходять на асистентські столи, і внутрішньоаптечної заготовки, що представляють собою заздалегідь готуються суміші двох або декількох препаратів, систематично повторюваних в рецептурі.
В якості підсобного персоналу в аптеці працюють фасувальниці і санітарки. Фасувальниці, крім роботи за асистентський столом, виробляють також внутрішньоаптечна розфасовку порошкоподібних медикаментів, розвішуючи їх згідно встановленої рецептурного пропису, закладаючи в паперові пакетики. Вони виконують також об'ємну розфасовку в склянки або флакони рідких ліків, серед яких зустрічаються речовини, що виділяють у повітря отруйні пари і гази (нашатирний спирт, йод та ін.).
Деякі аптечні операції проводяться в стерилізаційної - спеціальному приміщенні, призначеному для стерилізації ліків. Тут встановлені сушильну шафу, автоклав та ін. Тут же відокремлена перегородкою кубовая, в якій знаходиться перегінний апарат з холодильником для отримання дистильованої води. Всю різноманітну роботу на цих апаратах виконують асистенти і дефектара за допомогою підсобного персоналу.
Для виготовлення і відпуску ліків необхідні чиста аптечна тара (склянки, банки, штангласах та ін.) І посуд (воронки, циліндри, колби і т. Д.). Їх очищення, миття та знезараження виробляються в мийному відділенні. Основним обладнанням мийної є бетонні, облицьовані кахельною плиткою, або мармурові мийні ванни з 2 або 3 секціями. До них підведена холодна і гаряча вода. Обробку нової посуду починають з замочування в слабкому мильному розчині протягом 1-2 годин. Потім її прочищають волосяним ершом і після промивання проточною водопровідною водою полощуть дистильованою водою і встановлюють у гнізда дерев'яних грат шийкою вниз. В даний час для мийки використовують також розчин гірчиці. Оброблену посуд піддають сушці в сушильній шафі, після чого, підібравши до неї пробки, зберігають у закритих шафах. Особливо ретельно обробляють посуд для стерильних ліків: після звичайної мийки її обполіскують стерильною дистильованою водою до нейтральної реакції і стерилізують шляхом нагрівання в автоклаві в парах води при 110 ° протягом 60 хвилин або при 120 ° протягом 15-20 хвилин. Стерилізація може виконуватися і шляхом нагрівання посуду в сушильній шафі при 160-170 ° протягом години або текучою парою при 100 ° протягом 30-60 хвилин. Потім посуд закупорюють пробками з підкладеними під них стерильними підкладками з пергаментного паперу і встановлюють у шафи. У великих аптеках для обробки посуду застосовують механічні ополіскувачі та мийні машини. Всю роботу з очищення та миття аптечної тари і посуду виконують санітарки.