Протруювання насіння проводиться за допомогою спеціальних машин - протруйників на відкритому майданчику, на відстані не ближче 200 м від житлових приміщень, джерел водопостачання, скотарень, місць зберігання продуктів харчування, фуражу і місць прийому їжі і води. У дощову погоду протруювання проводиться під навісом. Можна проводити протруювання і в приміщеннях, де можливо організувати ефективне провітрювання. До місця робіт не повинні допускатися сторонні особи.
При роботах по сухому протруюванню насіння обов'язково повинна проводитися захист дихальних шляхів за допомогою респіраторів з протипиловими або протигазовими патронами (залежно від характеру отрутохімікату), на які необхідно надягати чохли з пилонепроникної тканини. Відкриті частини тіла повинні захищатися за допомогою протипилових комбінезонів, рукавиць, спец. взуття. Тривалість робочого дня при сухому протравливании 4 години, решту часу використовується на роботах, не пов'язаних з отрутохімікатами.
При вологому, напівсухому і аерозольному протравливании роботи проводяться в респіраторах з протигазовими патронами, в комбінезонах з молескіну або халатах з бавовняної тканини або з тканини з водовідштовхувальними просоченнями, гумових рукавичках і спеціального взуття.
Сухе протруювання насіння здійснюється в спеціальних машинах. При цьому перевага віддається машин безперервної дії, оскільки вони забезпечують більш безпечні умови праці. Машини повинні бути герметичними. Забороняється застосовувати для протруювання несправні апарати, а також пристосовані бочки. Протруювання насіння шляхом перелопачування категорично забороняється.
Вивантаження протравленого насіння з апаратів проводиться в добре пригнані до вихідного отвору справні мішки з щільного матеріалу, що не пропускає пилу препарату. Забороняється вивантаження протравленого насіння на підлогу, в ящики або відра. На мішках з цими насінням обов'язково робиться напис «Протруєно», «Отруйно». Щодня після закінчення протравочних робіт всі залишки препарату, а також звільнилися залізні банки негайно повертаються на склад. Порожні банки знешкоджуються.
Протравлювати слід ту кількість зерна, яке необхідне для сівби. Протравлене зерно категорично забороняється використовувати в їжу, а також на корм худобі, домашнім тваринам і птиці.
Забороняється також застосовувати протравлене зерно для харчових цілей після його промивання, провітрювання та інших способів очищення від сільськогосподарських пестицидів. При необхідності короткочасного зберігання протравлені насіння повинні знаходитися в мішках з щільної тканини в окремих складах для посівного матеріалу, під замком. Відповідальною особою за їх зберігання є комірник, який веде облік зберігається і відпускається зерна.
Не можна змішувати протравлене зерно з непротравленним і здавати його на хлібоприймальні пункти. Відпускати протравлені насіння для посіву можна тільки за письмовим розпорядженням голови колгоспу (директора радгоспу) або осіб, які їх заміщають, з точним зазначенням необхідної кількості протравленого насіння. Не використане для сівби зерно повертається на склад- воно може бути використано тільки для посіву або знищено. Після видачі протравленого насіння для посіву звільнене приміщення очищають і проводиться вологе прибирання. Розсипане протравлене зерно, смешавшееся зі сміттям, ретельно змітається і спалюється або закопується в землю, про що складається відповідний акт. Перевозити протруєне насіння до місця сівби дозволяється тільки в мішках із щільної тканини.