Лікуванням СПКЯ займається лікар гінеколог-ендокринолог. На сьогоднішній день найбільш ефективними при лікуванні полікістозу яєчників є метформін і глітазони. До них можуть бути приєднані, при необхідності, антиандрогенні препарати, естрогени, прогестини, малі дози дексаметазону.
Обов'язково під час лікування проводити заходи щодо нормалізації маси тіла: дієта, фізична активність.
У разі неефективності консервативних методів лікування показана хірургічна операція (лазерна або діатермокоагуляція яєчників або їх декапсуляция, часткова резекція).