Відомо, що хвороботворні мікроби володіють характерним для кожного з них місцем локалізації. Наприклад, дизентерійні бактерії вражають товстий кишечник, менінгокок викликає запалення менінгеальних оболонок мозку (менінгіт), пневмокок - запалення легенів і т. П.
Стафілокок ж може вражати будь-які органи і тканини організму. Він викликає запалення легенів, плеврит, абсцес легені, бронхоектази, менінгіт, енцефаліт, абсцес мозку, ураження серця у вигляді міокардиту, перикардиту і ендокардиту з подальшим розвитком різноманітних вад серця.
Проникаючи в шлунково-кишковий тракт, стафілокок стає причиною токсичних диспепсій у дітей, ентероколітів, найтяжчих холероподібних гастроентеритів.
В останні роки встановлено, що різні захворювання печінки і жовчного міхура, такі як хронічні холецистити, холангіти, гепатохолецістіти, найчастіше викликаються саме стафілококом.
Стафілококові ураження сечостатевої системи протікають у вигляді гломерулонефритів, уретритів, простатитів, ендометритів, вульвовагинитов.
Стафілокок викликає більше 90% всіх захворювань ЛОР-органів (ангіни, гайморити, фронтити, отити, мезотімпаніта, ларинготрахеїти та ін.), А також поразок органу зору (кон'юнктивіт, виразка рогівки, ячмінь та ін.).
Велику роль відіграє стафілокок і в етіології хвороб опорно-рухового апарату: остеомієліт, артрити, гнійні міозити.
У новонароджених стафілококові захворювання часто починаються із запалення пупкової ранки.
Вельми часто стафілокок викликає мастити, лімфаденіти, фурункули, карбункули, флегмони, піодермії, пухирчатку новонароджених та інші ураження шкіри та підшкірної клітковини.