Для приготування зрізів досліджуваних під мікроскопом зразків тканин служать спеціальні апарати - мікротоми, діапазон застосування яких дуже широкий. Апарати цього типу можуть використовуватися для виготовлення зрізів з вельми твердих предметів (кістку, ріг, дерево) і різних м'яких тканин рослинного і тваринного походження.
У Радянському Союзі і зарубіжними фірмами випускаються різні моделі мікротомів, що дозволяють отримувати зрізи різної товщини (аж до ультратонких, необхідних для електронної мікроскопії) з тканин, залитих в парафін або целлоидин, а також з нативних тканин, підданих заморожуванню.
Одним з найбільш поширених типів мікротомів є санний мікротом. У більшості санних мікротомів ніж, що ковзає по напрямних, насувається на об'єкт. У деяких моделях є нерухомо закріплений ніж, на який насувається затискач з матеріалом. Цей тип мікротомів найбільш зручний для приготування серійних зрізів.
Як уже згадувалося, для отримання зрізів часто вдаються до заморожування зразків. Заморожування здійснюють або за допомогою рідкої вуглекислоти, що підводиться до столика мікротома з балона з вуглекислотою, або на заморожуючих столиках, охолодження яких здійснюється напівпровідниковим термоелементом. У деяких моделях охолоджується також і ніж, що в ряді випадків дозволяє готувати препарати з нефіксованого матеріалу.
Відносно новими апаратами є ультрамікротоми, що дозволяють готувати зрізи товщиною 0,05-0,1 мкм, що дає можливість використовувати їх для виготовлення зразків, необхідних при проведенні електронномікроскопічних досліджень.
До більшості мікротомів зазвичай додаються ножі, які за характером леза і напрямку дії позначаються буквами а, в і с. Лезо ножа а - Плосковогнутим, лезо ножа в теж плосковогнутим, але угнутість його менш виражена. Ніж з має плоске лезо. Ніж а служить для приготування зрізів з порівняно м'якого матеріалу. Ніж c вживається для різання парафінових, целлоідінпарафінових і, в деяких випадках, целлоідінових блоків. Ніж з використовують при роботі на заморожують мікротому і для різання целлоідінових блоків і щільного матеріалу, залитого в будь-яку речовину. У ультрамікротомах застосовуються спеціальні скляні або алмазні ножі.