Стерилізація всіх гумових та металевих інструментів, за винятком цистоскопії, проводиться шляхом кип'ятіння протягом 30 хвилин після ретельного їх промивання в проточній воді з милом. Так само стерилізуються еластичні інструменти, зроблені з пластмаси.
Шовкові катетери, просочені лаком, потрібно стерилізувати в парах формаліну протягом доби. Для цього існує спеціальний стерилізатор, що представляє собою довгастої форми шафка, в якому є кілька поличок з отворами. На полички укладають катетери та бужи, а на дно шафки насипають або сухий формалін, або ставлять ванночку з налитим в неї 40% розчином формальдегіду. Інструменти, що зберігаються в цьому шафці, в будь-який момент готові до вживання. Цистоскопи стерилізуються без оптичної системи в розчині оксіціаната ртуті 1: 1000 протягом 20 хв., Або в описаних вище шафках з формальдегідом протягом доби. Оптична частина цистоскопу і уретроскопа стерилізується в спирті.