Документація медичної служби цивільної оборони враховує номенклатуру поразок, розміри і склад санітарних втрат, сприяє проведенню швидкого сортування уражених і забезпечує спадкоємність їх лікування. Документація МСГО полегшує керівництво медичною службою і забезпечує аналіз санітарних наслідків воєнного часу. Документація МСГО розділяється на облікову та звітну. До облікової документації відноситься документація лікувально-евакуаційного призначення і документація обліку діяльності медичних установ.
Обліковою документацією лікувально-евакуаційного призначення є: картка первинного обліку, евакопаспорт, Історія хвороби і евакуаційна документація медичних розподільних пунктів (МРП), евакопріемніков (ЕП) і сортувальних майданчиків головних лікарень або сортувально-евакуаційних госпіталів (СЕГ). Картку первинного обліку заповнюють на кожного ураженого там, де йому вперше надають лікарську допомогу. У евакопаспорте, що заповнюється в ОПМ, вказують маршрут прямування автомашини, кількість і категорії уражених, що знаходяться в ній. Історії хвороби в ОПМ заповнюють тільки на нетранспортабельних пораженних- у всіх стаціонарних лікувальних закладах - на кожного ураженого. На МРП ведеться відомість обліку завантаження кожного лікарняного колектора, а на сортувальній майданчику головної лікарні, СЕГ і ЕП - відомість завантаження кожної профилированной лікарні лікарняного колектора.
До документації обліку діяльності медичних установ в системі МСГО відносять: журнали обліку переливання крові, реєстраційний, лабораторних досліджень, профілактичних щеплень, карту вибулого із стаціонару та ін. В системі МСГО використовуються деякі облікові форми медичних документів органів охорони здоров'я мирного часу (результати рентгенологічних, лабораторних, клінічних досліджень та ін.).
До звітної документації МСГО відносяться: позачергові донесення, щоденні форми медичної звітності, а також періодичні медичні звіти по підпорядкованості у встановлені терміни.