Різноманіття форм вродженої кишкової непрохідності у дітей та їх проявів досить повно вивчено в останні два десятиліття завдяки розвитку хірургії новонароджених. У новонароджених спостерігають повну і часткову кишкову непрохідність. Повна непрохідність, як правило, Пов'язана з атрезією (повним перервою кишкової трубки, відсутністю фрагмента кишки або наявністю внутрішньої мембрани, повністю перекриває проходження кишкового вмісту по кишкової трубці) або заворотом кишки. У новонародженого існує ще один особливий вид вродженої кишкової непрохідності тонкої кишки, який називають меконіевим илеусом. Ця форма непрохідності виникає внаслідок вад розвитку підшлункової залози, що призводить до утворення щільного мекония (первородного калу), Що заповнює просвіт тонкої кишки.
Часткова непрохідність у новонароджених, як правило, розвивається при стенозі (вродженому звуженні) ділянки кишкової трубки, ембріональних спайках, перетягували просвіт кишки при неповному завороту.
Для того щоб краще розбиратися у виникненні окремих форм кишкової непрохідності травного тракту у новонароджених, слід пам'ятати, що кишечник в процесі свого ембріонального розвитку проходить три періоди. Спочатку купол сліпої кишки разом з червоподібного відростка знаходиться в лівій клубової області, весь кишечник «висить» на загальній брижі і не фіксований. Потім починається обертання середньої кишки проти ходу годинникової стрілки. Купол сліпої кишки поступово піднімається в ліве підребер'я, продовжує обертання до правого підребер'я, поступово опускається в праву клубову область і тільки тоді до моменту народження дитини, відбувається фіксація товстої кишки. З обертанням середньої кишки пов'язана поява деяких форм кишкової непрохідності у новонароджених. Так, якщо обертання повністю не завершилося до моменту народження дитини і весь тонкий і товстий кишечник висить на одній загальній брижі, то створюються сприятливі умови для завороту кишки. Існують теорії, які пояснюють обертання кишки за допомогою ембріональних «спайок», які йдуть від купола сліпої кишки до правої половині черевної порожнини. Якщо ці спайки розвиваються надмірно, то вони самі можуть стати причиною непрохідності, перетискаючи просвіт кишки зовні.