Велике значення в діагностиці має алергологічний анамнез. З'ясовується наявність у сім'ї, у батьків, родичів таких захворювань, як бронхіальна астма, екзема, кропив'янка тощо., А також зв'язок алергічних проявів з харчовими продуктами, медикаментами. Має значення характер вигодовування на першому році життя. З'ясовуються терміни введення штучних видів вигодовування, соків, реакції на їх введення.
Необхідно ретельно з'ясувати весь раціон хворого в дні, що передували алергічної реакції, і всі обставини її виникнення. Хворому рекомендується вести так званий харчовий щоденник, в який ретельно записуються день і час прийому їжі, її склад і кількість (сніданок, обід, полуденок, вечеря), якість, спосіб кулінарної обробки. В окремій графі описуються зміни в загальному стані, поява алергічних симптомів (свербіж шкіри, висипання, нудота, болі в животі, задишка, утруднене дихання і т. Д.). Харчовий щоденник слід вести не менше 2-3 тижнів.
Елімінаційні проби полягають в тому, що з дієти хворого виключається підозрюваний алерген. Необхідно виняток підозрюваного алергену на 7-12 днів. При цьому прояви харчової алергії слабшають або зникають.
За стиханні проявів харчової алергії черзі вводять раніше виключені продукти. Якщо знову виникають клінічні прояви, то можна вважати введений продукт причинно-значущим алергеном.
Провокаційні проби полягають у тому, що хворому вводять невелику кількість підозрюваного харчового алергену (частіше під язик) і стежать за його станом, до і після тесту проводять полоскательную пробу з визначенням ингибиции міграції лейкоцитів, визначенням тромбоцитопенія і лейкопеніческім індексу. Провокаційні тести можуть проводитися лише підготовленими алергологами, бажано в умовах стаціонару або оснащеного алергологічного кабінету. Тим хворим, у яких в анамнезі є вказівки на анафілактичні реакції, проводити провокаційні проби не можна. Шкірні проби з харчовими алергенами широко поширені. Для їх проведення в даний час застосовують стандартні харчові алергени, проте допустимо використовувати натуральні алергени, наприклад натуральні фруктові соки, для постановки скаріфікаціонних проб. Нерідко при харчової алергії не вдається виявити сенсибілізацію методом шкірних проб у зв'язку з тим, що підвищена чутливість розвивається не до цілісного продукту, а до окремих частин його, що утворюється в процесі розщеплення і переварювання продукту в організмі.
Для діагностики харчової алергії використовуються також клітинні тести, такі, як тест дегрануляції базофільних лейкоцитів і тест дегрануляції огрядних клітин, тест специфічної ліберація гістаміну лейкоцитами, реакція гемаглютинації. Вищевказані тести вважаються допоміжними. Дуже корисні в діагностиці радіоіммуносорбентний, імуноферментний методи і PACT, що дозволяють встановити не тільки наявність алергії, а й причинно-значимі алергени. У деяких клініках для їх виявлення використовують електрогастрографія після прийому харчового алергену. Окремі дослідники використовують метод аспіраційної біопсії слизової оболонки шлунка після навантаження передбачуваним алергеном. Однак широкого поширення ці методи не отримали.
В цілому для встановлення етіології харчової алергії обов'язково проведення комплексного обстеження хворого з використанням 2-3 методів спеціальної (алергологічної) діагностики та їх зіставлення з анамнестичними даними і клінічною картиною захворювання.