Клінічне значення вроджених аномалій піхви залежить від їх локалізації і величини. За винятком атрезії дівочої пліви і піхви, які в період статевого дозрівання призводять до виникнення гематокольпоса і більш серйозних ускладнень, клінічна картина інших аномалій розвитку піхви зазвичай дуже мізерна. Жінки, які не знають про наявність цих аномалій, зазвичай звертаються до лікаря через утрудненого статевих зносин, різних розладів менструального циклу або з приводу первинного безпліддя. Більшість аномалій розвитку піхви не викликає суб'єктивних жалоб- жінка може завагітніти, і стеноз піхви виявляється лише під час пологів-в дитячому віці ці аномалії викликають скарги виключно рідко (наприклад, вагініт, який ускладнився піокольпосом). У ряді випадків аномалії розвитку піхви виявляють випадково, при звичайному гінекологічному дослідженні.
При наявності перегородки або стенозу піхви діагностика зазвичай не утруднена, якщо є хоча б невеликий отвір. Якщо не вдається ввести гінекологічне дзеркало, через вузький отвір потрібно ввести пуговчатий зонд, виробляючи одночасно і ректальне пальцеве дослідження- зазвичай вдається встановити характер і величину аномалії розвитку влагаліща- дослідження можна доповнити кольпографія. При атрезії дівочої пліви або відсутності вагінального каналу ректальне дослідження дає уявлення про локалізацію і величиною аномалії лише за наявності гематокольпоса. Після инцизии дівочої пліви або перінеотоміі можливо подальше дослідження.