Лікування дискінезії товстої кишки має стійке усунення суб'єктивних симптомів за допомогою нормалізації діяльності механізмів, що регулюють моторику товстої кишки. Вельми часто з початку виникнення дискінезії передбачається наявність у хворого органічного хронічного захворювання кишечника (найчастіше хронічного коліту) і призначається відповідна терапія (сувора дієта, антибіотики, сульфаніламідні препарати), яка в подібних випадках не тільки не ефективна, але може і посилити порушення моторної функції товстої кишки. Передумовами до ефективного лікування дискінезії товстої кишки є створення максимально сприятливих умов для діяльності нервової системи. Хворого необхідно (після відповідного ретельного обстеження) переконати у відсутності в нього органічного захворювання кишечника, рекомендувати правильний режим роботи, відпочинку, сну, по можливості уникати негативних емоцій, налагодити регулярне харчування. Збудливим суб'єктам доцільно призначати невеликі дози транквілізаторів. Корисні в цьому ж відношенні і фізіопроцедури (циркулярний душ, хвойні ванни, парафінові аплікації). Дієта таких хворих повинна бути досить широкою. При наявності переважно запорів, переймоподібних болю і спастически скороченою товстої кишки (за даними пальпації і ректороманоскопии), що говорить про підвищення збудливості місцевого нервового апарату, овочі та фрукти слід призначати в протертому вигляді, м'ясо і рибу - у відварному. У дієту вводяться солодощі (варення, мед), молочні продукти (свіжий кефір, кисле), доцільно призначати страви в холодному і теплому вигляді.
З медикаментозних засобів хороший ефект надає тривале застосування беллоїда (по дві таблетки на ніч протягом 10-15 днів, а потім ще 1-2 місяці по одній таблетці на ніч). Доцільно призначення курсу вітаміну В6 (5% розчин 1 мл) протягом 20-30 днів або невеликих доз нікотинової кислоти (1% розчин перші 3 дні по 0,5 мл, потім 3 дні по 0,75 мл і потім ще 20 днів по 1 мл). Останню можна комбінувати з 2 мл 2% розчину новокаїну (в одному шприці). Непоганий ефект роблять при дискінезіях товстої кишки і субаквальні ванни. Якщо зазначеними заходами не вдається досягти нормалізації стільця, то слід додатково вдатися до дробовим дозам (два-три прийоми на день) рослинних проносних.