Ода стовбуровим клітинам місцями переривається через побічних ефектів від їх застосування. Неправильне поділ, збої в розвитку, Незапрограмовані трансформації стовбурових клітин стримують черговий виток розвитку медичної науки. Злоякісні пухлини і тератоми можуть стати наслідком використання в практиці як ембріональних стовбурових клітин, так і індукованих плюрипотентних.
До компромісним методам використання стовбурових клітин з метою генерації певного типу зрілих диференційованих клітин є використання стимулюючих білків. Клітини тканин вирощують поза організмом для подальшої пересадки. Такий метод досить трудомісткий і дорогий, проте гарантує захист від онкоутворень.
Вчені з Медичної школи Стенфордського університету (США) випробували метод диференціювання стовбурових клітин в організмі мишей. Теоретичною підосновою служило припущення про важливість взаємодії стовбурових клітин не тільки з мікросередовища (білками - настроювачами), але і з Макрооточення (сусідніми клітинами організму). Досліди підтвердили гіпотезу - з 42 особин, що зазнали видалення частини черепної кістки і отримали взамін стовбурові клітини людини на підкладці, тільки у двох спостерігалися пухлини. Решта благополучно відновили 95% ушкоджень.
Таким чином ученим удалость довести важливість участі в приживленні і диференціюванні стовбурових клітин сусідніх клітин господаря.