Програма лікування аутоімунних захворювань включає в себе: санацію вогнищ хронічної інфекції (вірусні інфекції, бактеріальні інфекції); придушення загострення захворювання (при необхідності); імунологічні методи досягнення стійкої ремісії. Ця програма застосовується для лікування таких захворювань, як: ревматоїдний артрит, аутоімунних тиреоїдит, аутоімунний гепатит, розсіяний склероз, хвороба Крона, хвороба Бехтєрєва, псоріаз, нейродерміт, цукровий діабет і т.д.