Лікування аутоімунного тиреоїдиту спрямоване на усунення дефіциту власних гормонів щитовидної залози і зменшення активності аутоімунних процесів у щитовидній залозі. При аутоімунному тиреоїдиті вміст тиреоїдних гормонів в крові знижений, тиреотропного гормону - перевищує норму. У діагностиці велике значення має визначення титру антитиреоїдних антитіл.
У більшості випадків лікування носить консервативний характер. Показаннями до оперативного лікування хворих з гіпертрофічною формою аутоімунного тиреоїдиту є підозра на поєднання аутоімунного тиреоїдиту з розростанням тканини щитовидної залози і великі розміри зоба з ознаками здавлювання оточуючих тканин і органів.